山东省医学科学院基础医学研究所是一所集医学科研、疾病防治、研究生教育、科技开发为一体的省级专业研究机构，山东省一类科研院所。主要从事免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、生理学、中西医结合基础、心脑血管病、流行病与卫生统计学、血液肿瘤学、分子生物学、医学遗传学与基因工程、肿瘤学基础、临床检验诊断学等研究。现拥有国家中医药管理局免疫药理实验室、山东省肿瘤免疫与医学基因工程重点实验室、山东省免疫生物靶向药物工程技术研究中心、山东省医药卫生肿瘤免疫与中药免疫重点实验室、山东省罕少见病重点实验室平台、济南市免疫生物技术工程研究中心；免疫学和实验病理学为山东省医药卫生重点学科；拥有山东大学流行病与卫生统计学、免疫学２个联合培养博士学科，济南大学 山东省医学科学院血液病学博士培养学科，临床医学博士培养学科支撑学科；有基础医学一级学科，免疫学、病原生物学、内科学（心脑血管病和血液肿瘤学）、中西医结合基础、流行病与卫生统计学、病理学与病理生理学等6个硕士学位授权学科；为山东免疫学会、山东省医药生物技术学会、山东省心功能研究会挂靠单位。下设山东省肿瘤免疫与医学基因工程重点实验室、山东省医药卫生肿瘤免疫与中药免疫重点实验室、微生物学研究室、心脑血管病防治研究中心、实验病理学与生理学研究室、实验医学中心、山东省医科院卫生检测与安全评价中心、办公室、科教科、政工科、财务科和转化医学中心12个科室。设有山东肿瘤生物治疗研究中心、山东省医学科学院心脑血管病防治研究中心、山东省医学科学院血液肿瘤防治研究中心等特色中心。为山东免疫学会、山东省医药生物技术学会、山东省心功能研究会挂靠单位。现有职工123人，其中正高级专业技术人员16人、副高级专业技术人员15人。博士生导师2名，硕士生导师12名。

自2004年以来，各级计划科研项目立项162项，其中国家科技重大专项或子课题3项，国家“十一五”或“十二五”科技支撑项目子课题4项，自然科学基金23项、省自然科学基金及其他省级项目58项、厅局级项目41项；发表学术论文438篇，其中SCI收录论文57篇；授权发明专利8项、实用新型专利2项；获各级成果奖励54项，其中省科技进步一等奖1项，二等奖4项、三等奖9项，省自然科学三等奖4项；培养硕士研究生147名、以同等学力申请硕士学位人员148名；与山东大学联合培养博士研究生13名。